//------------------------
// Macros
//------------------------
    #define DEBUGMSG(X) \
        Serial.print("DEBUG: ");  \
        Serial.print(__PRETTY_FUNCTION__); \
        Serial.print(' '); \
        Serial.print(__FILE__); \
        Serial.print(':'); \
        Serial.print(__LINE__); \
        Serial.print(' '); \
        Serial.println(X);


//------------------------
// Constantes del sistema
//------------------------
// Pin a utiliar
// Pasos de incremento y periodo total

//------------------------
// Variables globales
//------------------------
// Tiempo up
// ¿Cada vez más tiempo en Up?

//------------------------
// Configuración del sistema
//------------------------
void setup() {
  // Pin de salida

  // Config puerto (hay versión ampliada)
  Serial.begin(9600);
  // Esperar a que esté disponible. El puerto es lento, mejor esperarlo si es algo crítico.
  while (!Serial) {
        ; // wait for serial port to connect. Needed for native USB
  }
}

//------------------------
// Programa principal
//------------------------
// A lo main() de Java, pero dentro de un bucle infinito
void loop() {

/* En cada ciclo debe estar un tiempo apagado y otro encendido. Dichos tiempos deben sumar el periodo.

Además, en cada ciclo, el tiempo encendido deber ir incrementándose hasta llegar al periodo, y luego irá decrementando, hasta llegar al paso mínimo.

Para facilitar el desarrollo, puedes emplear la función de depuración
  debugger(__PRETTY_FUNCTION__, __FILE__, __LINE__, tiempoUp) o la macro DEBUGMSG(X)
*/
}


//------------------------
// Funciones
//------------------------
// Mensajes de depuración con funciones
void debugger(String FUNCION, String FILE, int LINEA, int VALOR){
  Serial.print("DEBUG: ");  
  Serial.print(FUNCION); 
  Serial.print(' '); 
  Serial.print(FILE); 
  Serial.print(':'); 
  Serial.print(LINEA); 
  Serial.print(' '); 
  Serial.println(VALOR);
}

//------------------------
// Constantes del sistema
//------------------------
// Comandos
const String STOP = String("stop");
const String START = String("start");
// Pin a utiliar
// Pasos de incremento y periodo total

//------------------------
// Variables globales
//------------------------

//------------------------
// Configuración del sistema
//------------------------
void setup() {
  // Aquí config
  }
}


//------------------------
// Programa principal
//------------------------
// A lo main() de Java, pero dentro de un bucle infinito
void loop() {
  
  // Zona blink
  
  // Zona comunicaciones
  String request = "";
  // Mientras haya datos disponibles leerlos y guardarlos en variable
  while(Serial.available()) {
    request += Serial.readString();
  }
  
  // Zona de control
  if ( request == STOP ) {
    habilitado = false;
    DEBUGMSG("Debemos parar");
  } else if ( request == START ) {
    habilitado = true;
    DEBUGMSG("Debemos reemprender");
  } else if ( request.length() != 0 ){
    DEBUGMSG("Otro COMANDO:"+request+"-"+request.length());
  }
}

package uart;

import com.fazecast.jSerialComm.SerialPort;

import java.util.Arrays;
import java.util.Scanner;

public class ConexionUART{
    // Puerto UART de la placa
    private static final String PORT = "ttyUSB0";

    public static void main(String[] args) {
        ConexionUART conexionUART = new ConexionUART();
        conexionUART.start();
    }

    private void start(){
        // Capturamos los puertos UART disponibles
        SerialPort[] puertos = SerialPort.getCommPorts();
        System.out.println("Lista de puertos: 
" + Arrays.toString(puertos) );

        // Buscamos el puerto UART deseado (el ttyUSB0)
        SerialPort uart = null;
        for (SerialPort puerto : puertos) {
            String descripcionDelPuerto = String.format("%s, %s, %s, %s", puerto.getSystemPortName(), puerto.getPortDescription(), puerto.getSystemPortName(), puerto.getManufacturer());
            System.out.println(descripcionDelPuerto);
            if (puerto.getSystemPortName().equals(PORT)) {
                uart = puerto;
            }
        }

        // Si existe el puerto UART deseado, y podemos abrirlo
        if ( uart != null && uart.openPort() ){
            String comando;
            do {
                // Capturamos comando y enviamos
                System.out.println("Envía comando 'start/stop' para iniciar/detener:");
                Scanner sc = new Scanner(System.in);
                comando = sc.nextLine();
                // Salir del programa
                if (comando.equals("quit")) { break; }
                uart.writeBytes(comando.getBytes(), comando.length());

            } while ( ! comando.equals("quit") );
            uart.closePort();
        }
    }
}

<dependency>
    <groupId>com.fazecast</groupId>
    <artifactId>jSerialComm</artifactId>
    <version>[2.0.0,3.0.0)</version>
</dependency>